Beberapa kelemahan sekolah dalam mengelola keuangan adalah: (1) Penyusunan anggaran berulang dari tahun ke tahun, tanpa penyesuaian dengan konteks waktu berjalan, (2) tidak memiliki prioritas yang jelas, (3) tidak memiliki dampak pengeluaran biaya untuk kemajuan sekolah secara terukur, dan (4) proporsi anggaran tidak sesuai dengan proporsi rencana strategis sekolah, (5) kontrol arus kas yang lemah, dan (6) pengeluaran tanpa perencanaan.
Mengelola keuangan sekolah bukan hanya soal penganggaran dan pengeluaran. Lebih dari itu, ia dilandasi value, rencana strategis, program prioritas, peta jalan perwujudan visi, dan berbagai sumber daya terkait lembaga pendidikan tersebut.