Beberapa kelemahan sekolah dalam menyusun program kerja adalah: (1) Penyusunan berulang dari tahun ke tahun, tanpa penyesuaian dengan konteks waktu berjalan, (2) tidak memiliki prioritas yang jelas, (3) tidak memiliki mean of verification, serta (4) kontrol pelaksanaan dan evaluasi yang lemah.
Program kerja sekolah bukan hanya soal deretan rencana kegiatan dalam satu tahun. Lebih dari itu, ia dipengaruhi oleh value, rencana strategis, program prioritas, peta jalan perwujudan visi, dan berbagai sumber daya terkait.